流域综合管理是以维护健康的流域复合生态系统为目标, 以水资源管理为核心, 统筹社会、经济、环境和生产、生活、生态用水等各方面的关系, 通过水土资源的规划、开发利用和保护, 建立和完善防洪抗旱减灾体系、资源管理体系和生态环境保护体系, 促进人水和谐, 维持流域社会、经济和环境的可持续发展与公共福利的最大化。洞庭湖流域管理涉及多个政府部门, 目前水资源主管部门与各涉水管理部门之间职责不清, 各自为政, 条块分割, 协调机制缺乏, 造成了事实上的“多龙管理”又“群龙无首”的局面; 缺乏综合的流域综合管理性质的法律法规, 且开发政策法规较多, 生态补偿法规缺乏, 法规协调性不够, 法律的制定缺乏公平的利益协调机制。从传统的管理模式向流域综合管理转变, 必须统筹实施综合措施, 制定流域总体规划, 建立一体化的流域决策机构、综合管理执行机构与各利益方对话机制; 形成长效投入机制与利益补偿机制。